Les coronavirus sont des virus à ARN qui sont divisés en quatre genres ; les alphacoronavirus et les bêtacoronavirus sont connus pour infecter les humains1. Le SARS-CoV-2 est apparenté aux coronavirus de la chauve-souris et au SARS-CoV, le virus responsable du SRAS.2 Comme le SARS-CoV, le SARS-CoV-2 pénètre dans les cellules humaines par le récepteur de l’enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2).3 Le SRAS-CoV-2 possède une ARN polymérase ARN-dépendante et des protéases, qui sont les cibles de médicaments en cours d’étude.
- Transmission
- Manifestations cliniques
- Diagnostic
- Evaluation
- Gestion de Covid-19
- Hydroxychloroquine et Chloroquine avec ou sans Azithromycine
- Remdesivir
- Plasma convalescent et anticorps monoclonaux
- Glucocorticoïdes
- Utilisation de médicaments concomitants chez les personnes atteintes de Covid-19
- Contrôle et prévention des infections
Transmission
Le SRAS-CoV-2 se transmet principalement d’une personne à l’autre par des particules respiratoires, probablement de taille variable, qui sont libérées lorsqu’une personne infectée tousse, éternue ou parle4. Étant donné que les particules plus petites (aérosols) et plus grandes (gouttelettes) sont concentrées dans un rayon de quelques mètres, la probabilité de transmission diminue avec la distance physique et une ventilation accrue. La plupart des infections par le SRAS-CoV-2 se propagent par la transmission de particules respiratoires sur une courte distance (lorsqu’une personne se trouve à <2 m d’une personne infectée).5,6 Des aérosols peuvent être générés pendant certaines procédures (p. ex. intubation ou utilisation de nébuliseurs), mais ils se produisent également lors d’autres activités et dans des circonstances particulières, comme le fait de parler, de chanter ou de crier à l’intérieur dans des environnements mal ventilés7-10 ; dans ces situations, la transmission sur de plus longues distances peut se produire.5,6 L’ARN du CoV-2 SRAS a été détecté dans le sang et les selles, mais la propagation fécale-orale n’a pas été documentée. Une étude environnementale et épidémiologique d’un petit groupe de cas a suggéré la possibilité d’une transmission par voie aérienne associée à des aérosols fécaux après l’utilisation de la chasse d’eau des toilettes, mais il est probable que cela soit rare.12 Dans des conditions de laboratoire, le SRAS-CoV-2 peut persister sur le carton, le plastique et l’acier inoxydable pendant des jours.8,13 La contamination des surfaces inanimées a été proposée pour jouer un rôle dans la transmission,9 mais sa contribution est incertaine et pourrait être relativement faible.
Un défi majeur pour contenir la propagation du SRAS-CoV-2 est que les personnes asymptomatiques et présymptomatiques sont infectieuses.14 Les patients peuvent être infectieux 1 à 3 jours avant l’apparition des symptômes, et jusqu’à 40 à 50 % des cas peuvent être attribuables à la transmission par des personnes asymptomatiques ou présymptomatiques.7,15 Juste avant et peu après l’apparition des symptômes, les patients présentent des niveaux viraux nasopharyngés élevés, qui diminuent ensuite sur une période de 1 à 2 semaines16. Les patients peuvent avoir de l’ARN SRAS-CoV-2 détectable lors des tests de réaction en chaîne par polymérase (PCR) pendant des semaines à des mois, mais les études qui détectent le virus viable et les évaluations de dépistage des contacts suggèrent que la durée de l’infectivité est beaucoup plus courte ; les recommandations actuelles des experts soutiennent la levée de l’isolement chez la plupart des patients 10 jours après l’apparition des symptômes si la fièvre est absente depuis au moins 24 heures (sans utilisation d’agents antipyrétiques) et que les autres symptômes ont diminué17-19.
Manifestations cliniques
Le spectre clinique de l’infection par le SRAS-CoV-2 va de l’infection asymptomatique à la maladie grave. Parmi les patients qui sont symptomatiques, la période d’incubation médiane est d’environ 4 à 5 jours, et 97,5 % présentent des symptômes dans les 11,5 jours suivant l’infection.20 Les symptômes peuvent inclure de la fièvre, de la toux, des maux de gorge, des malaises et des myalgies. Certains patients présentent des symptômes gastro-intestinaux, notamment l’anorexie, les nausées et la diarrhée.21,22 L’anosmie et l’âgusie ont été signalées chez jusqu’à 68 % des patients et sont plus fréquentes chez les femmes que chez les hommes.23 Dans certaines séries de patients hospitalisés, l’essoufflement s’est développé en moyenne 5 à 8 jours après l’apparition des premiers symptômes21,24 ; sa survenue est évocatrice d’une aggravation de la maladie.
Tableau 1.Tableau 1. Facteurs de risque de covidie sévère-19.
Les facteurs de risque de complications du Covid-19 comprennent l’âge avancé, les maladies cardiovasculaires, les maladies pulmonaires chroniques, le diabète et l’obésité (tableau 1).24,26-29 Il n’est pas clair si d’autres conditions (par ex, l’infection par le virus de l’immunodéficience humaine non contrôlée ou l’utilisation de médicaments immunosuppresseurs) confèrent un risque accru de complications, mais comme ces conditions peuvent être associées à de plus mauvais résultats après une infection par d’autres pathogènes respiratoires, une surveillance étroite des patients atteints de Covid-19 qui présentent ces conditions est justifiée.
Les résultats de laboratoire chez les patients hospitalisés peuvent inclure une lymphopénie et des taux élevés de d-dimères, de lactate déshydrogénase, de protéine C-réactive et de ferritine. Au moment de la présentation, le taux de procalcitonine est généralement normal. Les résultats associés à de mauvais résultats comprennent une augmentation du nombre de globules blancs avec lymphopénie, un temps de prothrombine prolongé et des taux élevés d’enzymes hépatiques, de lactate déshydrogénase, de d-dimère, d’interleukine-6, de protéine C-réactive et de procalcitonine21,27,30-32. Lorsque des anomalies sont présentes à l’imagerie, les résultats typiques sont des opacifications en verre dépoli ou une consolidation.33
Diagnostic
Les tests diagnostiques pour identifier les personnes actuellement infectées par le SRAS-CoV-2 impliquent généralement la détection de l’acide nucléique du SRAS-CoV-2 au moyen d’un test PCR. Juste avant et peu après l’apparition des symptômes, la sensibilité du test PCR sur des écouvillons nasopharyngés est élevée.34 Si le test est négatif chez une personne que l’on soupçonne d’être atteinte de Covid-19, il est recommandé de répéter le test.35 La spécificité de la plupart des tests PCR du SRAS-CoV-2 est proche de 100 % tant qu’il n’y a pas de contamination croisée pendant le traitement des échantillons.
La Food and Drug Administration (FDA) a délivré des autorisations d’utilisation d’urgence (EUA) pour des tests PCR commerciaux validés pour une utilisation avec de multiples types d’échantillons, y compris les écouvillons nasopharyngés, oropharyngés et mi-turbinés et les narines antérieures (nasales), ainsi que le type d’échantillon le plus récemment validé, la salive.36 (Une vidéo montrant comment obtenir un échantillon par écouvillonnage nasopharyngé est disponible sur NEJM.org). L’EUA de la FDA autorise le prélèvement par le patient d’un échantillon dans les narines antérieures sous l’observation d’un agent de santé37, ce qui peut réduire les expositions des agents de santé. La collecte des patients à domicile avec envoi à un laboratoire s’est avérée sûre et efficace, mais l’accès est limité aux États-Unis.38 Le test des échantillons des voies respiratoires inférieures peut avoir une sensibilité plus élevée que le test des écouvillons nasopharyngés.16
La FDA a également accordé des EUA pour les tests antigéniques rapides visant à identifier le SRAS-CoV-2 dans un écouvillon nasopharyngé ou nasal. Les tests d’antigène sont généralement moins sensibles que les tests de PCR par transcriptase inverse, mais ils sont moins coûteux et peuvent être utilisés sur le lieu de soins avec des résultats en 15 minutes. Ils peuvent être particulièrement utiles lorsque la rapidité d’exécution est essentielle, par exemple dans les lieux de rassemblement à haut risque.39
En outre, des EUA ont été délivrés pour plusieurs tests sérologiques pour le SRAS-CoV-2. Ces tests mesurent différentes immunoglobulines et détectent les anticorps contre divers antigènes viraux à l’aide de différentes méthodes analytiques, de sorte que la comparaison directe des tests est difficile. Les anticorps anti-SARS-CoV-2 sont détectables chez la majorité des patients 14 jours ou plus après l’apparition des symptômes.40 Leur utilisation dans le diagnostic est généralement réservée aux personnes suspectées d’être atteintes de Covid-19 mais dont le test PCR est négatif et chez qui les symptômes ont commencé au moins 14 jours plus tôt. La recherche d’anticorps après 2 semaines peut également être envisagée lorsqu’il existe une raison clinique ou épidémiologique de détecter une infection passée, comme la sérosurveillance. Comme les taux d’anticorps peuvent diminuer avec le temps et que les corrélats de l’immunité ne sont pas encore connus, les résultats des tests sérologiques ne peuvent actuellement pas indiquer si une personne est protégée contre une réinfection.40
Evaluation
Figure 1.Figure 1. Caractéristiques, diagnostic et prise en charge du Covid-19 selon le stade ou la gravité de la maladie.
Adapté de Gandhi.41 Selon les Centers for Disease Control and Prevention, « le test de diagnostic du SRAS-CoV-2 vise à identifier l’infection actuelle chez les individus et est effectué lorsqu’une personne présente des signes ou des symptômes compatibles avec le Covid-19, ou lorsqu’une personne est asymptomatique mais a été récemment exposée, de manière connue ou soupçonnée, au SRAS-CoV-2 ». Le test de dépistage du SRAS-CoV-2 vise à identifier les personnes infectées qui sont asymptomatiques et sans exposition connue ou soupçonnée au SRAS-CoV-2. Le test de dépistage est effectué pour identifier les personnes qui peuvent être contagieuses afin que des mesures puissent être prises pour prévenir toute transmission ultérieure. « 39
L’évaluation de Covid-19 est guidée par la gravité de la maladie (figure 1). Selon les données de la Chine, 81% des personnes atteintes de Covid-19 avaient une maladie légère ou modérée (y compris les personnes sans pneumonie et les personnes avec une pneumonie légère), 14% avaient une maladie sévère et 5% avaient une maladie critique.42
Les patients qui présentent des signes et des symptômes légers ne nécessitent généralement pas d’évaluation supplémentaire. Cependant, certains patients qui présentent initialement des symptômes bénins verront par la suite une détérioration clinique précipitée qui survient environ une semaine après l’apparition des symptômes.24,26 Chez les patients qui présentent des facteurs de risque de maladie grave (tableau 1), une surveillance étroite de la progression clinique est justifiée, avec un seuil bas pour une évaluation supplémentaire.
Si de nouveaux symptômes ou une aggravation des symptômes (par exemple, une dyspnée) apparaissent chez des patients présentant initialement une maladie bénigne, une évaluation supplémentaire est justifiée. Un examen physique doit être effectué pour évaluer la tachypnée, l’hypoxémie et les résultats anormaux des poumons. En outre, des tests de dépistage d’autres agents pathogènes (par exemple, le virus de la grippe, selon la saison, et d’autres virus respiratoires) doivent être effectués, s’ils sont disponibles, et une imagerie thoracique doit être réalisée.
Les indicateurs d’une maladie modérée sont la présence de signes cliniques ou radiographiques d’une maladie des voies respiratoires inférieures, mais avec une saturation en oxygène dans le sang de 94 % ou plus lorsque le patient respire l’air ambiant. Les indicateurs d’une maladie grave sont une tachypnée marquée (fréquence respiratoire, ≥30 respirations par minute), une hypoxémie (saturation en oxygène, ≤93 % ; rapport de la pression partielle de l’oxygène artériel sur la fraction d’oxygène inspirée, <300) et des infiltrats pulmonaires (>50 % du champ pulmonaire concerné dans les 24 à 48 heures).42
Les tests de laboratoire chez les patients hospitalisés doivent inclure une numération globulaire complète et un panel métabolique complet. Dans la plupart des cas, et surtout si un médicament qui affecte l’intervalle QT corrigé (QTc) est envisagé, un électrocardiogramme de référence doit être obtenu.
La radiographie thoracique est généralement la méthode d’imagerie initiale. Certains centres utilisent également l’échographie pulmonaire. L’American College of Radiology déconseille l’utilisation de la tomodensitométrie comme étude de dépistage ou d’imagerie initiale pour diagnostiquer le Covid-19, insistant sur le fait qu’elle devrait être utilisée « avec parcimonie » et uniquement chez les patients hospitalisés lorsqu’il existe des indications spécifiques.43
Les tests supplémentaires qui sont parfois effectués comprennent des études de coagulation (par ex, mesure des d-dimères) et des tests de marqueurs inflammatoires (par exemple, la protéine C-réactive et la ferritine), la lactate déshydrogénase, la créatine kinase et la procalcitonine.
Gestion de Covid-19
Les patients qui ont une maladie légère se rétablissent généralement à domicile, avec des soins de soutien et un isolement. Il peut être utile pour les personnes à haut risque de complications d’avoir un oxymètre de pouls pour auto-surveiller la saturation en oxygène.
Les patients qui ont une maladie modérée doivent être surveillés de près et parfois hospitalisés ; ceux qui ont une maladie grave doivent être hospitalisés. S’il existe des signes cliniques de pneumonie bactérienne, un traitement antibactérien empirique est raisonnable mais doit être arrêté dès que possible. Un traitement empirique de la grippe peut être envisagé en cas de transmission de la grippe saisonnière jusqu’à ce que les résultats des tests spécifiques soient connus.
Le traitement du Covid-19 dépend du stade et de la gravité de la maladie (figure 1).41 Comme la réplication du SRAS-CoV-2 est maximale juste avant ou peu après l’apparition des symptômes, les médicaments antiviraux (p. ex. le remdesivir et les traitements à base d’anticorps) sont probablement plus efficaces lorsqu’ils sont utilisés tôt. Plus tard dans la maladie, on pense qu’un état hyperinflammatoire et une coagulopathie entraînent des complications cliniques ; à ce stade, les médicaments anti-inflammatoires, les immunomodulateurs, les anticoagulants ou une combinaison de ces traitements peuvent être plus efficaces que les agents antiviraux. Il n’existe aucun traitement approuvé pour le Covid-19, mais certains médicaments se sont avérés bénéfiques.
Hydroxychloroquine et Chloroquine avec ou sans Azithromycine
La chloroquine et l’hydroxychloroquine ont une activité in vitro contre le SRAS-CoV-2, peut-être en bloquant le transport endosomal44. Les résultats d’études observationnelles à groupe unique et de petits essais randomisés ont suscité un intérêt initial pour l’hydroxychloroquine dans le traitement du Covid-19, mais les essais randomisés ultérieurs n’ont pas montré de bénéfice. L’essai RECOVERY (Randomized Evaluation of Covid-19 Therapy) a montré que, par rapport aux soins standard, l’hydroxychloroquine n’a pas réduit la mortalité chez les patients hospitalisés.45 Dans un autre essai randomisé impliquant des patients hospitalisés atteints de Covid-19 léger à modéré, l’hydroxychloroquine avec ou sans azithromycine n’a pas amélioré les résultats cliniques.46 De plus, aucun avantage n’a été observé avec l’hydroxychloroquine dans des essais randomisés impliquant des patients ambulatoires atteints de Covid-1947,48 ou des patients ayant été récemment exposés au SRAS-CoV-2 (l’hydroxychloroquine étant utilisée comme prophylaxie post-exposition).49,50 Les lignes directrices actuelles recommandent de ne pas utiliser l’hydroxychloroquine en dehors des essais cliniques pour le traitement des patients atteints de Covid-19.51,52
Remdesivir
Le Remdesivir, un inhibiteur de l’ARN polymérase ARN-dépendante, a une activité contre le SRAS-CoV-2 in vitro53 et chez les animaux54. Dans le rapport final de l’essai Adaptive Covid-19 Treatment Trial 1 (ACTT-1)55, qui portait sur des patients hospitalisés présentant des signes d’infection des voies respiratoires inférieures, ceux qui ont été répartis au hasard pour recevoir 10 jours de remdesivir par voie intraveineuse se sont rétablis plus rapidement que ceux qui ont reçu un placebo (temps de rétablissement médian, 10 contre 15 jours) ; les estimations de la mortalité au jour 29 étaient de 11,4 % et 15,2 %, respectivement (rapport des risques, 0,73 ; intervalle de confiance à 95 %, 0,52 à 1,03). Dans un autre essai, les résultats cliniques obtenus avec 5 jours de remdesivir étaient similaires à ceux obtenus avec 10 jours de remdesivir.56 Dans un essai randomisé ouvert portant sur des patients hospitalisés atteints de Covid-19 modéré (avec des infiltrats pulmonaires et une saturation en oxygène ≥94%), l’état clinique était meilleur avec 5 jours de remdesivir (mais pas avec 10 jours de remdesivir) qu’avec les soins standard, mais le bénéfice était faible et d’une importance clinique incertaine.57 La FDA a émis une EUA pour le remdesivir pour les patients hospitalisés atteints de Covid-19.58 Les lignes directrices recommandent le remdesivir pour le traitement des patients hospitalisés atteints de Covid-19 sévère mais considèrent que les données sont insuffisantes pour recommander ou non l’utilisation systématique de ce médicament pour la maladie modérée.51,52 Les décisions concernant l’utilisation du remdesivir chez les patients hospitalisés atteints d’une maladie modérée doivent être individualisées et fondées sur le jugement concernant le risque de détérioration clinique.
Plasma convalescent et anticorps monoclonaux
De petits essais randomisés de plasma convalescent obtenu à partir de personnes qui se sont rétablies du Covid-19 n’ont pas montré un avantage clair.59. Les données provenant de patients atteints de Covid-19 qui ont été inscrits à un vaste programme d’accès élargi au plasma convalescent aux États-Unis suggèrent que la mortalité pourrait être plus faible avec la réception de plasma avec un titre élevé d’anticorps qu’avec la réception de plasma avec un faible titre d’anticorps ; les données suggèrent également que la mortalité pourrait être plus faible lorsque le plasma est donné dans les 3 jours suivant le diagnostic que lorsque le plasma est donné plus de 3 jours après le diagnostic60,61. L’interprétation de ces données est compliquée par l’absence d’un groupe témoin non traité et la possibilité d’une confusion ou d’un effet délétère de l’administration de plasma avec un faible titre d’anticorps. Le National Institutes of Health Covid-19 Treatment Guidelines Panel51 et la FDA, qui a émis un EUA pour le plasma convalescent en août 202060, soulignent que le plasma convalescent n’est pas la norme de soins pour le traitement du Covid-19. Des essais randomisés en cours doivent être menés à bien pour déterminer le rôle du plasma convalescent.
Les anticorps monoclonaux dirigés contre la protéine de pointe du SRAS-CoV-2 sont en cours d’évaluation dans des essais randomisés en tant que traitement pour les personnes atteintes de Covid-19 léger ou modéré et en tant que prophylaxie pour les contacts domestiques des personnes atteintes de Covid-19. Les données publiées ne sont pas encore disponibles pour informer la pratique clinique.
Glucocorticoïdes
Parce que l’on craint qu’un état hyperinflammatoire puisse conduire à des manifestations sévères de Covid-19, des thérapies immunomodulatrices ont été ou sont étudiées. Dans l’essai RECOVERY, la dexaméthasone a réduit la mortalité chez les patients hospitalisés atteints de Covid-19, mais le bénéfice était limité aux patients qui recevaient de l’oxygène supplémentaire et était le plus important chez les patients qui subissaient une ventilation mécanique62. La dexaméthasone n’a pas amélioré les résultats, et peut avoir causé des dommages, chez les patients qui n’ont pas reçu d’oxygène supplémentaire, et elle n’est donc pas recommandée pour le traitement de la Covid-19 légère ou modérée.
Utilisation de médicaments concomitants chez les personnes atteintes de Covid-19
Parce que le SRAS-CoV-2 pénètre dans les cellules humaines par le récepteur de l’ECA2,3 des questions ont été soulevées quant à savoir si l’utilisation d’inhibiteurs de l’ECA ou d’antagonistes des récepteurs de l’angiotensine (ARA) – qui peuvent augmenter les niveaux d’ECA2 – pourrait affecter l’évolution du Covid-19.63 Cependant, de grandes études d’observation n’ont pas montré d’association avec un risque accru,64 et les patients qui reçoivent des inhibiteurs de l’ECA ou des ARA pour une autre indication ne devraient pas cesser de prendre ces agents, même s’ils présentent une Covid-19.63,65 En outre, plusieurs organisations faisant autorité ont noté l’absence de données cliniques à l’appui d’une préoccupation potentielle concernant l’utilisation d’anti-inflammatoires non stéroïdiens (AINS) chez les patients atteints de Covid-19,66 et les résultats d’une étude de cohorte étaient rassurants67.
Contrôle et prévention des infections
Tableau 2.Tableau 2. Transmission du SRAS-CoV-2 selon le stade de l’infection.
Les travailleurs de la santé doivent être protégés contre l’acquisition du SRAS-CoV-2 lorsqu’ils dispensent des soins cliniques (tableau 2). Il est essentiel d’utiliser la télésanté lorsque cela est possible, de réduire le nombre de travailleurs de la santé qui interagissent avec les patients infectés, d’assurer une ventilation appropriée et de procéder à un nettoyage assidu de l’environnement. L’équipement de protection individuelle (EPI) utilisé lors des soins aux patients atteints de Covid-19 connu ou suspecté doit comprendre, au minimum, une blouse d’isolement, des gants, un masque facial et une protection oculaire (lunettes ou écran facial). L’utilisation de ces précautions contre les gouttelettes et les contacts pour les soins de routine des patients atteints de Covid-19 semble être efficace5,68 et est conforme aux directives de l’Organisation mondiale de la santé (OMS)69 ; cependant, les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) préfèrent l’utilisation d’un respirateur (habituellement un masque filtrant N95, un appareil respiratoire à épuration d’air motorisé ou un appareil respiratoire à épuration d’air confiné) au lieu d’un masque facial70, mais considèrent que les masques faciaux sont acceptables en cas de pénurie. Les CDC et l’OMS recommandent l’utilisation d’une protection renforcée pour les procédures générant des aérosols, notamment l’utilisation d’un appareil respiratoire et d’une chambre d’isolement pour les infections transmises par l’air. Dans les sites où une protection renforcée n’est pas disponible, l’utilisation de nébuliseurs et d’autres procédures générant des aérosols doit être évitée, dans la mesure du possible. Dans le contexte de la pandémie en cours, la possibilité de transmission en l’absence de symptômes soutient l’utilisation universelle de masques et de protections oculaires pour toutes les rencontres avec les patients.7,71
Des stratégies visant à faciliter la prévention et le contrôle des infections sont nécessaires pour les personnes dont le logement est instable ou qui vivent dans des installations surpeuplées ou des lieux de rassemblement, où la distance physique est incohérente ou impossible (par exemple, dortoirs, prisons, centres de détention, établissements de soins de longue durée et établissements de santé comportementale).