Antibiotiques et le microbiome : Restaurer la flore intestinale après les antibiotiques

Les antibiotiques ont des effets rapides sur la composition et la santé du microbiome. Des effets qui peuvent être préjudiciables à la santé de l’hôte, surtout en cas de surexposition, ce qui est de plus en plus courant. Nous ne pouvons pas toujours éviter les antibiotiques et ne devrions pas le faire lorsque nous en avons besoin, ce sont après tout des médicaments qui sauvent des vies. Cependant, nous pouvons prendre des mesures pour atténuer les effets néfastes qu’ils ont sur nos microbiomes.

Si vous souhaitez en savoir plus sur la façon dont les antibiotiques affectent le microbiome et comment ces effets peuvent être prévenus, nous aborderons ces sujets dans les sections suivantes :

• Comment fonctionnent les antibiotiques ?
• Les mauvais usages et les abus des antibiotiques
• Effets des antibiotiques sur la flore intestinale
• Résistance aux antibiotiques : l’émergence des superbactéries
• Comment restaurer la flore intestinale après une antibiothérapie
• Banque d’outils : un futur protocole d’utilisation des antibiotiques ?

D’abord, couvrons le fonctionnement des antibiotiques pour combattre les infections bactériennes.

Comment fonctionnent les antibiotiques ?

L’utilisation des antibiotiques a commencé avec la découverte de la pénicilline dans les années 1920. Depuis lors, de nombreux autres antibiotiques ont été découverts et utilisés pour guérir les infections causées par des bactéries qui étaient autrefois une sentence de mort. Les antibiotiques pénètrent dans le corps humain et ciblent et tuent spécifiquement les bactéries, sans toucher aux cellules humaines. Ils y parviennent en ciblant des traits spécifiques qui existent dans les cellules bactériennes et non dans les cellules humaines.

Par exemple, la pénicilline empêche les bactéries de créer une paroi cellulaire, dont elles ont besoin pour survivre – les cellules humaines n’ont pas de parois cellulaires. Il existe d’autres types d’antibiotiques qui affectent d’autres mécanismes nécessaires à la vie bactérienne.

Bien que pour tout le bien que les antibiotiques ont fait pour la santé humaine, ils ne sont pas sans conséquences. En effet, les antibiotiques n’affectent pas seulement les mauvaises bactéries pathogènes, mais aussi les bonnes bactéries qui sont cruciales pour notre santé.

Les mauvais usages et les abus des antibiotiques

Le problème des antibiotiques n’est pas entièrement les antibiotiques eux-mêmes. Ce sont des médicaments qui sauvent des vies et beaucoup d’entre nous doivent leur vie à leur découverte, mais leur surconsommation conduit à leur inefficacité. Certaines des façons dont les antibiotiques sont mal utilisés sont facilement évitables. Nous décrivons ci-dessous deux des façons les plus courantes d’abuser des antibiotiques.

Les antibiotiques ne sont pas efficaces sur les infections virales

De nombreuses prescriptions inappropriées d’antibiotiques ont visé les infections virales. Les maladies causées par des virus ne peuvent pas être traitées par des antibiotiques. En effet, les virus ont une structure différente de celle des bactéries et ne se répliquent pas de la même manière. Ainsi, les antibiotiques ne finissent pas par tuer les virus qui vous rendent malade mais ne font que nuire inutilement à votre microbiome.

Éviter les antibiotiques dans les aliments

La prise d’antibiotiques n’est pas la seule façon dont nous y sommes exposés, les antibiotiques et les bactéries résistantes aux antibiotiques peuvent également entrer dans notre système par le biais des aliments. De nombreux animaux sont nourris aux antibiotiques pour favoriser leur croissance et en consommant des produits carnés provenant de ces animaux, nous pouvons nous exposer à un plus grand risque de résistance aux antibiotiques.

Effets des antibiotiques sur la flore intestinale

Les antibiotiques sont l’une des plus grandes découvertes de la médecine moderne. Ils ont transformé la santé humaine, rendant des affections et des infections autrefois mortelles facilement traitables, mais toute bonne chose a son coût et les antibiotiques ne font pas exception. En plus de tuer les mauvaises bactéries qui causent des infections et des maladies, les antibiotiques peuvent aussi finir par tuer toute une série de bactéries utiles.

Bien que les antibiotiques soient prescrits pour tuer les bactéries pathogènes, ils ne sont pas des médicaments ciblés. Cela signifie qu’ils ne peuvent pas cibler uniquement ce qui cause l’infection, mais plutôt toutes les bactéries sur leur chemin, qu’elles soient bonnes ou mauvaises. Ainsi, bien qu’ils puissent sauver des vies lorsqu’il s’agit de certaines infections, ils peuvent être dangereux pour votre santé lorsqu’ils sont surprescrits là où ils ne sont pas nécessaires.

Interrompre le développement du microbiome

Malheureusement, beaucoup des personnes recevant des doses élevées et inutiles d’antibiotiques sont de jeunes enfants, qui sont encore en plein développement du microbiome. Cette période de développement du microbiome est essentielle à la colonisation normale des bactéries dans l’organisme et des perturbations dans ce domaine peuvent avoir des conséquences à long terme. Les interruptions précoces du microbiome par les antibiotiques ont été liées à des risques plus élevés d’obésité, d’asthme et d’allergies.

Le début de la dysbiose par les antibiotiques

Dans les suites directes de la prise d’antibiotiques, il n’est pas rare de connaître une dysbiose. Un antibiotique à large spectre peut affecter le microbiome, provoquant des diminutions notables de la diversité bactérienne – un aspect clé de la santé du microbiome. Après la prise d’un antibiotique, il faut parfois des mois, voire des années, pour que le microbiome intestinal se remette de l’intervention. Et il existe des preuves suggérant que certains peuvent ne jamais se remettre complètement de l’utilisation d’antibiotiques.

Un état de dysbiose, qui peut être déclenché par l’utilisation d’antibiotiques, a été associé à un certain nombre de conditions de santé. Ces conditions comprennent, sans s’y limiter, la maladie de Crohn, la colite ulcéreuse, l’autisme et l’obésité.

Résistance aux antibiotiques : l’émergence des superbactéries

Avec la surexposition aux antibiotiques est apparue l’émergence des superbactéries. Les superbactéries sont des agents pathogènes bactériens qui ont développé une résistance génétique à certains antibiotiques. Malheureusement, les superbactéries résistantes aux antibiotiques sont en augmentation alors que la découverte de nouveaux antibiotiques est en déclin.

Qu’est-ce que les superbactéries

Les superbactéries sont une classification de bactéries qui ont développé une résistance aux antibiotiques. Il s’agit d’un processus naturel qui a été exaspéré et joué plus rapidement en raison de la prescription excessive et de l’abus de médicaments antibiotiques. Par exemple, les souches bactériennes résistantes aux antibiotiques de M. tuberculosis, la bactérie responsable de la tuberculose, sont en augmentation. Cette maladie autrefois mortelle, devenue très traitable, pourrait bientôt redevenir une menace majeure pour la santé humaine.

Comment se développe la résistance aux antibiotiques ?

Les bactéries peuvent évoluer en « superbactéries » de deux façons. La première façon est par des mutations génétiques qui les font devenir résistantes à certains antibiotiques. Un autre moyen, et le plus efficace, par lequel les superbactéries évoluent est le transfert de gènes. Les bactéries sont capables de s’engager dans un transfert de gènes, grâce auquel elles peuvent se transmettre des informations génétiques.

L’échange de gènes entre les bactéries a augmenté la vitesse à laquelle les bactéries ont pu développer des mécanismes pour devenir résistantes aux antibiotiques. L’un de ces mécanismes est connu sous le nom de pompe biologique, dans laquelle des enzymes dégradent les antibiotiques et les éliminent avant qu’ils ne fassent effet.

Comment la surconsommation provoque-t-elle la résistance ?

Oui, les bactéries évoluent naturellement pour devenir résistantes aux menaces pour leur survie, mais en surutilisant les antibiotiques, cette évolution se produit beaucoup plus rapidement. Lorsque nous utilisons les antibiotiques à la fréquence à laquelle nous les avons utilisés, la bactérie est obligée d’évoluer plus rapidement pour survivre ; ce qu’elle peut faire de manière assez efficace.

Comment restaurer la flore intestinale après des antibiotiques ?

Si nous ne pouvons pas éviter les antibiotiques, la prochaine meilleure chose que nous pouvons faire est d’essayer de restaurer notre microbiome après eux et de savoir comment rester en bonne santé tout en prenant des antibiotiques. Le régime alimentaire peut contribuer à faire en sorte que votre microbiome dispose des ressources nécessaires pour se repeupler correctement en fournissant des nutriments qui favorisent la santé intestinale et la diversité des microbes.

Des régimes pour relancer votre microbiome post antibiotiques

Manger des aliments qui favorisent la santé et la diversité du microbiome est important à tout moment, mais c’est particulièrement crucial lorsque vous vous remettez des antibiotiques. Pour cela, les probiotiques naturels (présents dans les aliments) et les prébiotiques sont essentiels. Mais il est toujours important de ne pas abuser d’un groupe d’aliments. Un système sain se nourrit d’une alimentation diversifiée et équilibrée, alors assurez-vous que les fibres et les aliments fermentés fassent partie de cet équilibre après la prise d’antibiotiques.

La mise en banque des selles : un futur protocole pour l’utilisation des antibiotiques ?

Il a été suggéré que la mise en banque de ses propres selles avant l’utilisation d’antibiotiques lourds pourrait être un moyen d’aider à minimiser les effets néfastes des antibiotiques sur le microbiome. En mettant en banque ses propres selles et en les implantant après les antibiotiques, la population naturelle de microbes dans l’intestin se rétablira plus efficacement et plus rapidement.

Les TMF autologues sont plus efficaces après la prise d’antibiotiques que les probiotiques

Dans une étude de l’Institut Weizmann des sciences en Israël, les participants ont reçu une série d’antibiotiques, puis soit un mélange de probiotiques, soit une TMF autologue, soit ils ont été placés dans un groupe contrôlé et n’ont rien reçu. Ceux qui ont reçu le probiotique ont vu leur intestin colonisé par les bactéries du mélange jusqu’à six mois, plutôt qu’une reconstitution de leurs microbes intestinaux d’origine. Les personnes qui ont reçu une TMF, c’est-à-dire une transplantation fécale utilisant leurs propres selles avant l’administration d’antibiotiques, ont connu le taux de rétablissement microbien le plus rapide. Bien que l’étude soit incontestablement très petite et donc de portée limitée, les résultats sont intéressants pour ceux qui tentent de trouver des moyens de prévenir les effets désastreux des antibiotiques sur le microbiome.