La Revolución Francesa duró desde 1789 hasta 1799. La Revolución precipitó una serie de guerras europeas, lo que obligó a Estados Unidos a articular una clara política de neutralidad para evitar verse envuelto en estos conflictos europeos. La Revolución Francesa también influyó en la política estadounidense, ya que las facciones a favor y en contra de la Revolución trataron de influir en la política interior y exterior de Estados Unidos.
Cuando los primeros rumores de cambio político en Francia llegaron a las costas estadounidenses en 1789, el público de Estados Unidos se mostró muy entusiasmado. Los estadounidenses esperaban que las reformas democráticas consolidaran la alianza franco-americana existente y transformaran a Francia en un aliado republicano frente a la aristocrática y monárquica Gran Bretaña. Sin embargo, con el cambio revolucionario llegó también la inestabilidad política, la violencia y los llamamientos a un cambio social radical en Francia que asustaron a muchos estadounidenses. El debate político estadounidense sobre la naturaleza de la Revolución Francesa exacerbó las divisiones políticas preexistentes y dio lugar a la alineación de la élite política en líneas pro-francesas y pro-británicas. El secretario de Estado, Thomas Jefferson, se convirtió en el líder del Partido Demócrata-Republicano pro francés, que celebraba los ideales republicanos de la Revolución Francesa. El secretario del Tesoro, Alexander Hamilton, lideró el Partido Federalista, que veía la Revolución con escepticismo y buscaba preservar los lazos comerciales existentes con Gran Bretaña. Con los dos miembros más poderosos de su gabinete enfrentados, el presidente George Washington trató de encontrar un equilibrio entre ambos.
De 1790 a 1794, la Revolución Francesa se volvió cada vez más radical. Después de que el rey francés Luis XVI fuera juzgado y ejecutado el 21 de enero de 1793, la guerra entre Francia y las naciones monárquicas Gran Bretaña y España era inevitable. Estas dos potencias se unieron a Austria y otras naciones europeas en la guerra contra la Francia revolucionaria que ya había comenzado en 1791. Estados Unidos se mantuvo neutral, ya que tanto los federalistas como los demócratas-republicanos vieron que la guerra conduciría a un desastre económico y a la posibilidad de una invasión. Esta política se vio dificultada por las acciones de mano dura de británicos y franceses. Los británicos acosaron a los barcos mercantes estadounidenses neutrales, mientras que el Gobierno francés envió a un controvertido ministro a Estados Unidos, Edmond-Charles Genêt, cuyas violaciones de la política de neutralidad estadounidense involucraron a los dos países en el Asunto del Ciudadano Genêt hasta su destitución en 1794.
En 1794, la Revolución Francesa entró en su fase más violenta, el Terror. Bajo la invasión extranjera, el Gobierno francés declaró el estado de emergencia, y muchos extranjeros residentes en Francia fueron arrestados, incluido el panfletista revolucionario estadounidense Thomas Paine, debido a su nacimiento británico. Aunque el ministro estadounidense en Francia, Gouverneur Morris, no pudo conseguir la liberación de Paine, sí pudo interceder con éxito en favor de muchos otros estadounidenses encarcelados durante el Terror, incluidos los cónsules estadounidenses en Dunkerque, Ruán y El Havre. Una vez que el Terror terminó a finales de julio de 1794, los arrestos terminaron, y Paine, que había sido programado para ser ejecutado, fue liberado.
Aunque la Revolución Francesa había terminado su fase radical, los federalistas en los Estados Unidos seguían desconfiando de que la ideología revolucionaria se infiltrara en los Estados Unidos. Muchos ciudadanos franceses, refugiados de las revoluciones francesa y haitiana, se habían establecido en ciudades estadounidenses y seguían siendo políticamente activos, creando periódicos y agitando sus causas políticas. Un espía francés, Victor Collot, viajó por Estados Unidos en 1796, observando los puntos débiles de su frontera occidental. Cuando la ruptura de las negociaciones diplomáticas dio lugar a la cuasi-guerra con Francia, el Congreso, controlado por los federalistas, aprobó una serie de leyes conocidas como Alien and Sedition Acts (Leyes de Extranjería y Sedición), cuyo objetivo era frenar la disidencia política y limitar la participación política de los inmigrantes facilitando la deportación y alargando el tiempo necesario para obtener la ciudadanía. Varios radicales políticos fueron detenidos por sedición, entre ellos el congresista Matthew Lyon y los editores de periódicos James Thompson Callendar y William Duane. Muchos refugiados, al percibir la hostilidad estadounidense, optaron por regresar a Francia y Haití, ya que la situación política se había calmado temporalmente en ambos lugares.
Las Leyes de Extranjería y Sedición, originalmente destinadas a prevenir el crecimiento del sentimiento pro francés, en realidad fueron contraproducentes para los federalistas. Sorprendidos por estas medidas extremas, los votantes indecisos en las elecciones presidenciales de 1800 apoyaron al pro-francés Thomas Jefferson y a su Partido Demócrata-Republicano, en lugar del federalista John Adams, que se presentaba a la reelección como presidente. Adams también se había distanciado del ala antirrevolucionaria de su partido al buscar la paz con Francia, cuya revolución ya había sido clausurada por el general Napoleón Bonaparte.
A pesar de las advertencias de los federalistas de que la elección de Jefferson traería la revolución a Estados Unidos, Jefferson optó por distanciarse de los radicales políticos y ganarse a los moderados políticos. La revolución en Francia había terminado, y aunque muchos votantes estadounidenses simpatizaban con la revolución en abstracto, no querían que los cambios más radicales de la revolución se pusieran en práctica en Estados Unidos.