Die Französische Revolution dauerte von 1789 bis 1799. Die Revolution löste eine Reihe von europäischen Kriegen aus und zwang die Vereinigten Staaten zu einer klaren Neutralitätspolitik, um nicht in diese europäischen Konflikte verwickelt zu werden. Die Französische Revolution beeinflusste auch die Politik der USA, da sowohl die Befürworter als auch die Gegner der Revolution versuchten, die amerikanische Innen- und Außenpolitik zu beeinflussen.
Als die ersten Gerüchte über politische Veränderungen in Frankreich 1789 die amerikanischen Küsten erreichten, war die amerikanische Öffentlichkeit weitgehend begeistert. Die Amerikaner hofften auf demokratische Reformen, die das bestehende französisch-amerikanische Bündnis festigen und Frankreich zu einem republikanischen Verbündeten gegen das aristokratische und monarchische Großbritannien machen würden. Mit dem revolutionären Wandel gingen jedoch auch politische Instabilität, Gewalt und Forderungen nach radikalen sozialen Veränderungen in Frankreich einher, die vielen Amerikanern Angst machten. Die politische Debatte in den USA über das Wesen der Französischen Revolution verschärfte die bereits bestehenden politischen Spaltungen und führte zu einer Ausrichtung der politischen Elite auf eine pro-französische und eine pro-britische Linie. Außenminister Thomas Jefferson wurde zum Führer der pro-französischen Demokratisch-Republikanischen Partei, die die republikanischen Ideale der Französischen Revolution feierte. Finanzminister Alexander Hamilton führte die Föderalistische Partei an, die der Revolution skeptisch gegenüberstand und die bestehenden Handelsbeziehungen zu Großbritannien erhalten wollte. Da die beiden mächtigsten Mitglieder seines Kabinetts in Opposition zueinander standen, versuchte Präsident George Washington, ein Gleichgewicht zwischen den beiden Parteien herzustellen.
Von 1790 bis 1794 wurde die Französische Revolution immer radikaler. Nachdem der französische König Ludwig XVI. am 21. Januar 1793 vor Gericht gestellt und hingerichtet worden war, war ein Krieg zwischen Frankreich und den monarchischen Nationen Großbritannien und Spanien unausweichlich. Diese beiden Mächte schlossen sich Österreich und anderen europäischen Nationen im Krieg gegen das revolutionäre Frankreich an, der bereits 1791 begonnen hatte. Die Vereinigten Staaten blieben neutral, da sowohl die Föderalisten als auch die demokratischen Republikaner der Ansicht waren, dass ein Krieg zu einer wirtschaftlichen Katastrophe und der Möglichkeit einer Invasion führen würde. Diese Politik wurde durch das rabiate britische und französische Vorgehen erschwert. Die Briten belästigten neutrale amerikanische Handelsschiffe, während die französische Regierung einen umstrittenen Minister in die Vereinigten Staaten entsandte, Edmond-Charles Genêt, dessen Verstöße gegen die amerikanische Neutralitätspolitik die beiden Länder bis zu seiner Abberufung im Jahr 1794 in die Citizen-Genêt-Affäre verwickelten.
Im Jahr 1794 trat die Französische Revolution in ihre gewalttätigste Phase, den Terror. Unter dem Druck ausländischer Invasoren rief die französische Regierung den Ausnahmezustand aus, und viele Ausländer, die sich in Frankreich aufhielten, wurden verhaftet, darunter auch der amerikanische revolutionäre Pamphletist Thomas Paine, da er britischer Herkunft war. Obwohl der US-Minister in Frankreich, Gouverneur Morris, nicht in der Lage war, die Freilassung von Paine zu erwirken, gelang es Morris, sich erfolgreich für viele andere Amerikaner einzusetzen, die während des Terrors inhaftiert waren, darunter die amerikanischen Konsuln in Dünkirchen, Rouen und Le Havre. Nach dem Ende des Terrors Ende Juli 1794 wurden die Verhaftungen beendet, und Paine, der hingerichtet werden sollte, wurde freigelassen.
Obwohl die Französische Revolution ihre radikale Phase beendet hatte, blieben die Föderalisten in den Vereinigten Staaten auf der Hut vor dem Eindringen der revolutionären Ideologie in die Vereinigten Staaten. Viele französische Bürger, die vor der französischen und haitianischen Revolution geflohen waren, hatten sich in amerikanischen Städten niedergelassen und blieben politisch aktiv, gründeten Zeitungen und setzten sich für ihre politischen Anliegen ein. Ein französischer Spion, Victor Collot, reiste 1796 durch die Vereinigten Staaten und bemerkte die Schwachstellen an ihrer Westgrenze. Als ein Scheitern der diplomatischen Verhandlungen zum Quasi-Krieg mit Frankreich führte, verabschiedete der von den Föderalisten kontrollierte Kongress eine Reihe von Gesetzen, die als Alien and Sedition Acts bekannt wurden und darauf abzielten, politische Meinungsverschiedenheiten einzudämmen und die politische Beteiligung von Einwanderern einzuschränken, indem sie die Deportation erleichterten und die für die Staatsbürgerschaft erforderliche Zeit verlängerten. Eine Reihe von politischen Radikalen wurde wegen Aufwiegelung verhaftet, darunter der Kongressabgeordnete Matthew Lyon und die Zeitungsredakteure James Thompson Callendar und William Duane. Viele Flüchtlinge, die die Feindseligkeit der Amerikaner spürten, zogen es vor, nach Frankreich und Haiti zurückzukehren, da sich die politische Lage in beiden Ländern vorübergehend beruhigt hatte.
Die Alien and Sedition Acts, die ursprünglich ein Anwachsen der pro-französischen Stimmung verhindern sollten, erwiesen sich für die Föderalisten als Fehlschlag. Durch diese extremen Maßnahmen verblüfft, entschieden sich die Wähler bei den Präsidentschaftswahlen von 1800 für den pro-französischen Thomas Jefferson und seine Demokratisch-Republikanische Partei und nicht für den Föderalisten John Adams, der zur Wiederwahl als Präsident antrat. Adams hatte auch den antirevolutionären Flügel seiner Partei verprellt, indem er Frieden mit Frankreich anstrebte, dessen Revolution bereits von General Napoleon Bonaparte beendet worden war.
Trotz der Warnungen der Föderalisten, dass die Wahl Jeffersons den Vereinigten Staaten eine Revolution bringen würde, entschied sich Jefferson stattdessen dafür, sich von den politischen Radikalen zu distanzieren und gemäßigte Politiker zu gewinnen. Die Revolution in Frankreich war vorbei, und obwohl viele amerikanische Wähler abstrakt mit der Revolution sympathisierten, wollten sie nicht, dass die radikalsten Veränderungen der Revolution in den Vereinigten Staaten umgesetzt wurden.