I 1920 krævede Jones Act, at skibe under amerikansk flag skulle være bygget i USA, ejes af amerikanske statsborgere og være dokumenteret i henhold til amerikansk lovgivning. Alle varer, der kom ind i eller forlod Alaska, skulle transporteres af amerikanske fragtmænd og sendes til Seattle før videre forsendelse, hvilket gjorde Alaska afhængig af staten Washington. USA’s højesteret fastslog, at den bestemmelse i forfatningen, der siger, at en stat ikke må have indflydelse på en anden stats handel, ikke fandt anvendelse, fordi Alaska kun var et territorium. De priser, som Seattles shippingvirksomheder opkrævede, begyndte at stige for at drage fordel af situationen.
Den store depression fik priserne på fisk og kobber, som var afgørende for Alaskas økonomi på det tidspunkt, til at falde. Lønningerne blev sænket, og arbejdsstyrken faldt med mere end halvdelen. I 1935 mente præsident Franklin D. Roosevelt, at amerikanere fra landbrugsområder kunne flyttes til Alaskas Matanuska-Susitna-dal for at få en ny chance for selvforsyning af landbruget. Kolonisterne kom hovedsageligt fra nordlige stater som Michigan, Wisconsin og Minnesota i den tro, at kun de, der var vokset op med et klima, der lignede Alaskas, kunne klare bosætterlivet der. United Congo Improvement Association bad præsidenten om at bosætte 400 afroamerikanske landmænd i Alaska med den begrundelse, at territoriet ville give dem fulde politiske rettigheder, men racistiske fordomme og troen på, at kun folk fra de nordlige stater ville være egnede kolonister, fik forslaget til at mislykkes.
Udforskningen og bosættelsen af Alaska ville ikke have været mulig uden udviklingen af fly, som gjorde det muligt at få tilflyttere til statens indre og hurtig transport af mennesker og forsyninger i hele staten. Men på grund af de ugunstige vejrforhold i staten og det høje forhold mellem piloter og befolkning er der spredt over 1.700 flyvraksteder i hele statens område. Talrige vrag kan også spore deres oprindelse til den militære opbygning af staten under både Anden Verdenskrig og den kolde krig.
Alaskas strategiske betydning for USA blev mere tydelig under Anden Verdenskrig. I april 1942 blev over 200 personer af japansk oprindelse i territoriet tvangsfjernet og sendt til interneringslejre inde i landet som følge af Executive Order 9066, som bemyndigede regeringen til at udvise og internere alle personer af japansk afstamning fra Stillehavskysten. Fra juni 1942 til august 1943 invaderede japanerne USA via Aleuterne-kæden i slaget om Aleuterne i slaget om Aleuterne. Dette var første gang siden krigen i 1812, at amerikansk jord blev besat af en fremmed fjende. Japanerne blev i sidste ende slået tilbage fra Aleuterne af en styrke på 34.000 amerikanske tropper.
I foråret og sommeren 1945 var Cold Bay på Alaska-halvøen stedet for det største og mest ambitiøse overførselsprogram under Anden Verdenskrig, Projekt Hula, hvor USA overførte 149 skibe og fartøjer til Sovjetunionen og trænede 12.000 sovjetiske medarbejdere i driften af dem i forventning om, at Sovjetunionen skulle træde ind i krigen mod Japan. På et hvilket som helst tidspunkt var omkring 1.500 amerikanske medarbejdere på Cold Bay og Fort Randall under Projekt Hula.