Det er her, at Le Duan, den erfarne kommunist, der havde ledet partiets krig i syd mod franskmændene, kommer ind i billedet. Siden Genève havde han tegnet et dystert billede af, hvad der foregik under den 17. breddegrad: Ikke alene havde Diem og amerikanerne afvist tanken om at afholde valg, men Diems undertrykkelse var også ved at ødelægge den smule, der var tilbage af partiets netværk i syd. Selv om Hanois ledere tøvede med at genoptage krigen direkte, da de var usikre på den kinesisk-sovjetiske støtte og bekymrede for, at amerikanerne ville sende tropper, overtalte Le Duan i 1959 partiet til at intervenere indirekte i syd eller risikere at miste det for altid.
Denne nye strategi reaktiverede Ho Chi Minh Trail for at bringe tusindvis af administratorer sydpå (hvoraf de fleste var indfødte sydstatsborgere, der var sendt nordpå efter Genève). De dannede en konkurrerende sydlig protostat i form af Den Nationale Befrielsesfront, der blev oprettet i 1960 og beskyttet af Folkets Befrielsesbevæbnede Styrker – det, der i fjenders øjne kom til at hedde Viet Cong. Samme år overtog Le Duan ledelsen af partiet. Han genaktiverede Sydvietnams centralkontor for at føre denne indirekte borgerkrig for at få Diems stat til at falde og for at forene landet på Hanois betingelser, før amerikanerne kunne gribe ind.
Parallelle, direkte krige
Diem faldt, men ikke hans stat. I 1963 så Kennedy-administrationen chokeret til, da N.L.F. udvidede sin magt over landområderne kraftigt. Diems halvfærdige oprørsbekæmpelsesprojekter, der tvang millioner af bønder ind i strategiske landsbyer, samt hans ubarmhjertige angreb på ikke-kommunistiske modstandere, skabte den glødende utilfredshed, som oprøret trivedes på. I juni 1963 ofrede en buddhistisk munk sig selv i Saigons centrum som et tegn på protest. Bekymrede for, at Diems politik spillede kommunisterne i hænderne, søgte sydvietnamesiske generaler amerikansk støtte til en plan om at vælte deres præsident. Kennedys Hvide Hus godkendte det, og den 2. og 3. november 1963 afsatte et militærkup Diem og dræbte ham i processen.
Spørgsmålet var nu, om Washington eller Hanoi ville gribe direkte ind. Fra 1963 pressede Le Duan på for en gradvis, direkte militær intervention, hvilket betød udsendelse af P.A.V.N.-tropper sydpå. Håbet var, at Hanoi sammen med N.L.F./P.L.A.F. kunne indtage den sydlige del af landet, før amerikanerne kunne eskalere.
Det var dog ikke alle i partiet, der var enige. Nogle, herunder Vo Nguyen Giap, rådede til forsigtighed og påpegede farerne ved at provokere amerikanerne direkte ind i konflikten, især når sovjetterne gik ind for supermagtens afspænding. Le Duan vidste imidlertid, at han kunne regne med Kinas Mao Zedong, som var stærkt kritisk over for Sovjet og deres mangel på revolutionær rygrad. I begyndelsen af 1964 godkendte partiet en direkte intervention i syd.
Lyndon B. Johnson måtte også vælge. Ville den nye præsident fortsætte USA’s indirekte krig? Ville han skære sit lands tab ned og trække sig ud? Eller ville han sende amerikanske tropper ind for at redde sydstaterne? Ligesom Le Duan valgte Johnson krig.
Efter et angreb på en amerikansk helikopterbase i Pleiku i begyndelsen af 1965 indledte Johnson en vedvarende luftkrig mod vietnamesiske mål over og under den 17. breddegrad og gav tilladelse til, at tropper landede i syd i marts. Et par måneder senere stødte amerikanske og P.A.V.N.-tropper sammen i højlandsdalen Ia Drang, det første af mange store slag, der skulle komme. Det var i det samme område, hvor P.A.V.N.-regimenter havde decimeret franske mobile grupper et årti tidligere.
I 1967 var der næsten 500.000 amerikanske tropper i Vietnam, mens Hanoi sendte sine egne drenge sydpå. Anden halvdel af den 30-årige krig om Vietnam var nu i gang, og det med stor styrke.