Souvislost mezi odlesňováním a nárůstem výskytu malárie je známa již delší dobu, ale výzkum v posledních dvou desetiletích doplnil mnoho podrobností. Velká část práce byla provedena v Peru, kde se v jedné oblasti v 90. letech 20. století zvýšil počet případů malárie z 600 ročně na 120 000, a to právě poté, co byla do panenského lesa postavena silnice a lidé začali mýtit půdu pro farmy.
Kaskáda ekologických změn způsobených člověkem dramaticky snižuje rozmanitost komárů. „Druhy, které přežijí a stanou se dominantními, z důvodů, které nejsou dobře pochopeny, téměř vždy přenášejí malárii lépe než druhy, které byly nejhojnější v nedotčených lesích,“ píší Eric Chivian a Aaron Bernstein, odborníci na veřejné zdraví z Harvard Medical School, ve své knize How Our Health Depends on Biodiversity. „To bylo pozorováno v podstatě všude, kde se malárie vyskytuje.“
Komáři se dokáží poměrně rychle přizpůsobit změnám prostředí. Například v reakci na snahu používat v oblastech světa s výskytem malárie noční sítě, aby se zabránilo nočním kousnutím, vědci pozorují změnu denní doby, kdy komáři koušou – mnozí se nyní zaměřují na svou lidskou kořist v hodinách před spaním.
Studie Vittora a dalších autorů zjistila, že jeden z druhů komárů přenášejících malárii, Anopheles darlingi, se v odlesněné oblasti v Peru radikálně liší od svých příbuzných v neporušených lesích; podle studie zveřejněné v roce 2006 v časopise American Journal of Tropical Medicine and Hygiene Anopheles darlingi v odlesněných oblastech kouše 278krát častěji než v neporušeném lese.
„V lese jsme nezjistili téměř žádné rozmnožování a žádné kousání dospělých komárů,“ řekl Vittor. Je to pravděpodobně proto, že ekologie odlesněné krajiny – krátká vegetace a hluboká voda – přála jejich rozmnožování a oni potřebují lidskou krev k tomu, aby se jejich vajíčka vyvíjela.
Typy komárů, kterým se v tomto radikálně změněném ekosystému daří, jsou více „vektorově kompetentní“, což znamená, že jejich systém je obzvláště dobrý ve výrobě velkého množství patogenu, který způsobuje malárii. Studie v Brazílii, publikovaná v časopise Journal of Emerging Infectious Diseases v roce 2010, zjistila, že vykácení čtyř procent pralesa mělo za následek téměř padesátiprocentní nárůst případů malárie u lidí.
Ekologie virů v odlesněných oblastech je odlišná. Při kácení lesů vznikají četné nové hranice neboli okraje mezi odlesněnými oblastmi a lesem. Komár zvaný Aedes africanus, hostitel virů žluté zimnice a Chikungaya, často žije na těchto okrajích a štípe lidi pracující nebo žijící poblíž. Na hranicích těchto různých ekosystémů se shromažďují další primáti, kteří jsou rovněž rezervoárem patogenů, a poskytují tak hmyzu trvalý zdroj virů.
Hmyz není jediným způsobem, jakým může odlesňování zhoršit výskyt infekčních onemocnění. Z neznámého důvodu jsou druhy plžů, které se dokážou lépe přizpůsobit teplým otevřeným plochám, které se vyskytují po vykácení lesa, lepšími hostiteli parazitů zvaných ploštice, z nichž někteří způsobují schistosomózu, onemocnění poškozující lidské orgány.
Vědci se obávají, že tato ohniska zhoršená lidskou změnou krajiny by mohla způsobit další pandemii. Římská říše se kdysi rozkládala od Skotska po Afriku a trvala více než 400 let. Nikdo přesně neví, proč se říše zhroutila, ale jedním z přispívajících faktorů mohla být malárie. Podle studie zveřejněné v roce 2001 v časopise Ancient Biomolecules se při vykopávkách hromadného hrobu dětí z této doby v 90. letech 20. století analýzou DNA zjistilo, že mnoho z nich zemřelo na malárii. Někteří badatelé spekulují, že epidemii malárie mohlo zhoršit odlesňování okolního údolí řeky Tibery v Římě za účelem zásobování rostoucího města dřevem.