V roce 1920 Jonesův zákon vyžadoval, aby plavidla plující pod vlajkou USA byla postavena ve Spojených státech, vlastněna americkými občany a zdokumentována podle zákonů Spojených států. Veškeré zboží, které vstupovalo na Aljašku nebo ji opouštělo, muselo být přepravováno americkými dopravci a před další přepravou dopraveno do Seattlu, čímž se Aljaška stala závislou na státu Washington. Nejvyšší soud USA rozhodl, že ustanovení ústavy, podle něhož by jeden stát neměl mít vliv na obchod jiného státu, neplatí, protože Aljaška je pouze územím. Ceny, které si účtovaly lodní společnosti v Seattlu, začaly stoupat, aby využily situace.
Velká hospodářská krize způsobila pokles cen ryb a mědi, které byly v té době pro aljašské hospodářství životně důležité. Klesly mzdy a počet pracovních sil se snížil o více než polovinu. V roce 1935 se prezident Franklin D. Roosevelt domníval, že by Američané ze zemědělských oblastí mohli být přesunuti do aljašského údolí Matanuska-Susitna, aby dostali novou šanci na zemědělskou soběstačnost. Kolonisté pocházeli převážně ze severních států, například z Michiganu, Wisconsinu a Minnesoty, v domnění, že osadnický život na Aljašce zvládnou jen ti, kteří vyrostli v podobném podnebí, jako je to aljašské. Sdružení United Congo Improvement Association požádalo prezidenta, aby na Aljašce usadil 400 afroamerických farmářů s tím, že území nabídne plná politická práva, ale rasové předsudky a přesvědčení, že vhodnými kolonisty budou pouze lidé ze severních států, způsobily, že návrh neuspěl.
Prozkoumání a osídlení Aljašky by nebylo možné bez rozvoje letadel, která umožnila příliv osadníků do vnitrozemí státu a rychlou přepravu lidí a zásob po celém území. Vzhledem k nepříznivým klimatickým podmínkám státu a vysokému poměru počtu pilotů k počtu obyvatel je však po jeho území roztroušeno více než 1700 vraků letadel. Četné vraky mají také svůj původ ve vojenském budování státu během druhé světové i studené války.
Strategický význam Aljašky pro Spojené státy se ještě více projevil během druhé světové války. V dubnu 1942 bylo více než 200 osob japonského původu na tomto území násilně vystěhováno a posláno do internačních táborů ve vnitrozemí v důsledku exekutivního nařízení č. 9066, které zmocňovalo vládu k vystěhování a internaci všech osob japonského původu z pacifického pobřeží. Od června 1942 do srpna 1943 napadli Japonci Spojené státy prostřednictvím řetězce Aleutských ostrovů v bitvě o Aleutské ostrovy. Bylo to poprvé od války v roce 1812, kdy americkou půdu obsadil cizí nepřítel. Japonci byli nakonec z Aleutských ostrovů odraženi silou 34 000 amerických vojáků.
Na jaře a v létě 1945 se v zátoce Cold Bay na Aljašském poloostrově uskutečnil největší a nejambicióznější transferový program druhé světové války, projekt Hula, v jehož rámci Spojené státy předaly Sovětskému svazu 149 lodí a plavidel a vycvičily 12 000 sovětských příslušníků k jejich obsluze v očekávání vstupu Sovětského svazu do války proti Japonsku. V každém okamžiku se v rámci projektu Hula nacházelo v Cold Bay a Fort Randall přibližně 1 500 amerických pracovníků.