Antecedentes:
El régimen de SIAD BARRE fue derrocado en enero de 1991; durante nueve años se produjeron disturbios, luchas entre facciones y anarquía. En mayo de 1991, los clanes del norte declararon una República independiente de Somalilandia que ahora incluye las regiones administrativas de Awdal, Woqooyi Galbeed, Togdheer, Sanaag y Sool. Aunque no está reconocida por ningún gobierno, esta entidad ha mantenido una existencia estable, ayudada por el abrumador dominio del clan gobernante y la infraestructura económica dejada por los programas de asistencia militar británicos, rusos y estadounidenses.
Las regiones de Bari y Nugaal conforman la vecina y autoproclamada República de Puntlandia, que también ha avanzado en la reconstrucción de un gobierno legítimo y representativo. A partir de 1993, un esfuerzo humanitario de la ONU de dos años de duración (principalmente en el sur) pudo aliviar las condiciones de hambruna, pero cuando la ONU se retiró en 1995, habiendo sufrido importantes bajas, el orden aún no se había restablecido.
En octubre de 2000 se creó un Gobierno Nacional de Transición (GNT) en Arta, Yibuti, al que asistió una amplia representación de los clanes somalíes. El TNG tiene un mandato de tres años para crear un gobierno nacional somalí permanente. El TNG no reconoce a Somalilandia ni a Puntlandia como repúblicas independientes, pero hasta ahora ha sido incapaz de reunirlas con las inestables regiones del sur; numerosos señores de la guerra y facciones siguen luchando por el control de Mogadiscio y las demás regiones del sur.
El Gobierno Federal de Transición (GFT) ha estado profundamente dividido desde poco después de su creación y hasta finales de diciembre de 2006 sólo controlaba la ciudad de Baidoa.
En junio de 2006, una coalición informal de clérigos, líderes empresariales y milicias de la corte islámica conocida como el Consejo Supremo de las Cortes Islámicas (CSCI) derrotó a los poderosos señores de la guerra de Mogadiscio y tomó el control de la capital. Los Tribunales siguieron expandiéndose, extendiendo su influencia por gran parte del sur de Somalia y amenazando con derrocar al Gobierno Federal de Transición en Baidoa.
Las fuerzas etíopes y del Gobierno Federal de Transición, preocupadas por los presuntos vínculos entre algunas facciones del SCIC y Al Qaeda, expulsaron al SCIC del poder a finales de diciembre de 2006, pero las fuerzas conjuntas siguen luchando contra los restos de la milicia del SCIC en el extremo suroccidental de Somalia, cerca de la frontera con Kenia. El Gobierno Federal de Transición, respaldado por las fuerzas etíopes, se instaló en Mogadiscio a finales de diciembre de 2006, pero sigue luchando para ejercer el control de la capital y evitar el resurgimiento del dominio de los señores de la guerra que caracterizaba a Mogadiscio antes del ascenso del SCIC.
En enero de 2009, tras la creación de un gobierno de unidad entre el GFT y la ARS, las fuerzas militares etíopes, que habían entrado en Somalia en diciembre de 2006 para apoyar al GFT ante los avances de la opositora Unión de Tribunales Islámicos (UTI), se retiraron del país. El GFT duplicó su tamaño hasta alcanzar los 550 escaños con la incorporación de 200 diputados de la ARS y 75 de la sociedad civil. El parlamento ampliado eligió al jeque SHARIF Sheikh Ahmed, antiguo presidente de la UCI y de la ARS, como presidente en enero de 2009.
Desde 2012, cuando se instaló un nuevo gobierno respaldado por la comunidad internacional, Somalia ha avanzado lentamente hacia la estabilidad, pero sus autoridades siguen enfrentándose a los desafíos de los insurgentes de Al Shabab, alineados con Al Qaeda. A pesar de haber sido expulsados de la mayoría de sus principales bastiones en el sur y el centro de Somalia, Al Shabab sigue lanzando mortíferos ataques de guerrilla contra el gobierno somalí y las fuerzas de la Unión Africana en gran parte de la nación del cuerno de África.